BLUE REFLECTION: Second Light folgt den Abenteuern von drei Studentinnen, Ao Hoshizaki, Kokoro Utsubo und Yuki Kinjou. Plötzlich in eine mysteriöse schwebende Akademie transportiert, beschließen sie, nach Hinweisen zu suchen, um einen Weg zurück nach Hause zu finden. Ohne Erinnerung erinnern sie sich nur an ihren Namen. Eines Tages entdecken sie einen Weg zu einer neuen Welt, aber als sie versuchen, das Geheimnis zu enthüllen, werden sie sofort von einer Horde blutrünstiger Monster angegriffen. Indem sie sich diesen bösen Kreaturen stellen, entfesseln sie bisher unbekannte Kräfte, die die rätselhafte Natur ihrer Umgebung nur verstärken.